医院创建于1958 年，前身为长春中医学院中医门诊部。

1962 年 8 月，长春中医学院附属医院筹建。

1963 年 1 月，经吉林省卫生厅批准，正式成立。

1970 年 6 月，中共吉林省委、吉林省革委会决定，长春中医学院并入吉林医科大学，长春中医学院附属医院更名为吉林医科大学第四临床学院。

1978 年 9 月，长春中医学院重新恢复，长春中医学院附属医院建制也同时恢复。

1997 年 9 月，经吉林省机构编制委员会批准，长 春中医学院附属医院增冠吉林省中医院名称。

2006 年 2 月，随着学校更名为长春中医药大学，医院更名为长春中医药大学附属医院。

2008 年 8 月，医院喜迎建院五十周年。

2011 年 3 月，医院传统诊疗中心成立。

2011 年 5 月，附属经开医院（二部）成立。

2016 年 5 月，医院儿童诊疗中心成立。

2018年，医院迎来60周年华诞。